南京市博物館為南京市博物總館分支機構，是一座綜合性歷史藝術類博物館，是江蘇省、南京市愛國主義教育基地。館址朝天宮，為國家AAAA級景區，位于南京水西門內運瀆之北，背山面水，氣勢雄偉，為江南地區現存規模最大、保存最為完整的明清官式古建筑群落，素有金陵第一勝跡之美譽，也是全國重點文物保護單位之一。

南京市博物館館藏文物十萬余件，上溯遠古，下迄民國，藏品內涵豐富，具有很高的歷史、藝術和科學價值。其中尤以南京人頭骨化石、青瓷釉下彩神鳥瑞獸盤口壺、王謝家族墓志、青花蕭何追韓信梅瓶、鑲金托云龍紋玉帶、漁翁戲荷琥珀杯、七寶阿育王塔等一批文物蜚聲中外，是各個歷史時期的文物精粹的典型代表。

常設展覽包括龍蟠虎踞-南京城市史、玉堂佳器-館藏精品展、云裳簪影-宋明服飾展等。其中龍蟠虎踞-南京城市史獲得第十一屆全國十大陳列精品獎最佳制作獎。

博物館與古建筑朝天宮珠聯璧合，又深滋于十朝都會悠久的歷史文化底蘊，加之四大古都得天獨厚的自然地理優勢，是人們解讀南京城市歷史發展進程，領略南京古都文化精髓，欣賞南京歷史文明寶藏的最佳去處。